远古时为白鹭栖息之地，故又称“鹭岛”。

　　先秦时期，厦门属百越之地；《汉书·地理志》记载，百越的分布“自交趾至会稽七八千里，百越杂处，各有种姓”。

　　西晋，太康三年（282年）置同安县，属晋安郡，不久裁撤，并入南安县，直到600多年后才再次设县建制：闽国龙启元年（933年）时升为同安县，再次设县，属泉州，州驻地在晋江县。

　　唐朝，贞元十九年（803年）析南安县西南部置大同场，唐光启二年（886年），王潮克泉州为刺史，至947年南唐灭闽国，同安地为王潮和闽国治地，历时61年。王潮、王审知兄弟先后为威武军节度使，同安为其治地，闽国开平元年（909年），王审知为闽王，立闽国，都福州，大同场为其辖地。 保大七年（949年），南唐升泉州为清源军（辖今泉州、莆田、厦门、漳州）。

　　宋乾德元年（963年），宋改清源军为平海军，以陈洪进为节度使，同安县属平海军。北宋太平兴国三年（978年），陈洪进纳土于宋，同安县始随平海军纳入宋土。同年，宋复平海军为泉州。宋属平海军、泉州；

　　宋淳祐年间，“三都”地区划属福建路漳州府，为龙溪县永宁乡新恩里，辖域为今海沧区海沧街道、新阳街道、嵩屿街道、海沧农场及集美区南部部分地区。

　　元朝，属泉州路同安县；“三都”属漳州路龙溪县。

　　明朝，实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设四个都，每个都下辖两个图，属泉州府同安县；“三都”属漳州府海澄县，领永昌保、集兴上半保、集兴下半保、崇隆保。

　　洪武二十七年（1394年）永宁卫的中、左两个千户所移驻嘉禾屿，并筑厦门城，此后遂以中左所作为厦门岛的代称；永历九年（清顺治十二年，1655年），郑成功改中左所为思明州，所辖境域包括厦门岛、鼓浪屿、浯洲（大金门）、烈屿（小金门）等岛屿；明嘉靖四十五年，海澄建县，原属龙溪县“三都”划归海澄县，属漳州府。

　　清朝，康熙十九年（1680年）清军攻占思明州。

　　康熙二十二年（1683年），福建水师提督移驻厦门，翌年设立台厦兵备道（雍正五年（1727年）改为台湾道），管理台湾、厦门两地政务。康熙二十五年（1686年）泉州府海防同知移驻厦门；“三都”地区属漳州府海澄县。

　　雍正五年（1727年）分守兴泉道移驻厦门，雍正十二年（1734年）改称兴泉永道，管辖兴化府（今莆田）、泉州府和永春州；“三都”所属海澄县属汀漳龙道，管辖汀州府（今长汀）、漳州府、龙岩州；至此，厦门成为福建东南沿海的军事、政治、经济中心。鸦片战争之后，清政府被迫与英国签订《南京条约》，厦门成为《南京条约》中规定的五个通商口岸之一。

　　道光二十三年九月十一日（1843年11月2日），厦门正式开埠。

　　光绪二十八年十月二十二日（1902年11月21日），清政府正式批准《厦门鼓浪屿租界土地章程》，鼓浪屿成为“万国租界”。

　　中华民国二年（1913年）兴泉永道改名为南路道，辖区不变，后增辖金门县；“三都”地区属汀漳道海澄县。

　　中华民国三年（1914年）改名厦门道（民国十四年（1925年）废）；“三都”地区属汀漳道海澄县。

　　中华民国四年（1915年）分出金门、大小嶝设金门县。

　　中华民国二十二年（1933年）“中华共和国人民革命政府”（即“福建人民政府”）设厦门特别市，旋废。

　　中华民国二十三年（1934年）1月“闽变”失败后，厦门特别市政府和兴泉省、龙汀省随之撤销，厦门恢复思明县建制，与同安县、海澄县均属福建省政府直辖。

　　中华民国二十三年（1934年）同安、思明县属第五行政督察区（驻同安），海澄县属第六行政督察区（驻龙溪）。

　　中华民国二十四年（1935年）4月以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思明县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安，辖今泉州、莆田、厦门）；“三都”所属海澄县属第五行政督察区。

　　中华民国二十七年（1938年）5月至民国三十四年（1945年）9月沦陷，10月恢复厦门市建制，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。抗日战争胜利，国民政府恢复厦门市政府建制，直属福建省政府管辖。

　　1949年09月，同安县、厦门市分别解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），“三都”所属海澄县属第六专区（1950年改漳州专区、龙溪专区），厦门为福建省辖市。

　　1950年10月，厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。

　　1953年，同安县集美镇归厦门市辖。

　　1958年01月，撤禾山区，改设郊区。

　　1958年08月，同安县由晋江专区划属厦门，海澄县海沧、新垵2乡由龙溪专区划归厦门市。

　　1966年08月，开元、思明区更名东风、向阳区（1979年10月复原名）。

　　1970年02月，同安县划属晋江专区（地区）。

　　1973年06月，同安县再归厦门市。

　　1978年09月，设杏林区。

　　1979年01月1日，中华人民共和国国防部部长徐向前发表《停止炮击大、小金门等岛屿的声明》，历时21年的金门炮战正式划上句号。

　　1987年，增设湖里区，郊区更名集美区。

　　1994年02月，国务院批准厦门市行政级别升格为副省级。

　　1997年05月，同安改县为区。至此，厦门市辖鼓浪屿区、思明区、开元区、杏林区、湖里区、集美区、同安区7个区。

　　1997年05月，厦门市同安区人民政府正式挂牌。

　　2003年05月，经国务院批准，福建省人民政府颁发《关于厦门市调整部分行政区划的批复》，同意撤销厦门市鼓浪屿区和开元区，其行政区域划归思明区管辖，杏林区更名为海沧区，设立翔安区。行政区调整后，厦门市下辖思明、湖里、集美、海沧、同安和翔安6个区，至2016年12月底不变。

　　2014年12月，国务院决定设立中国（福建）自由贸易试验区。其中厦门片区共43.78平方千米。